與此同時，人類補完計畫與E計畫的主要實施者之一的碇唯卻在暗中計畫反叛seele，她試圖挽救人類渡過未來的第三次衝擊，於是利用初號機融合實驗的機會，主動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計畫的重要工具中。元渡對碇唯此舉深感震驚，但他很快開始因勢利導實行自己的一套補完方案，將零號機克隆人的Lilith靈魂物質中摻入碇唯的粒子體，甚至使其相貌也一模一樣。這一製造過程是通過Dummy System實現的，通過這個系統可以由一個主體克隆出無數個分身，分享同一個靈魂。於是，The First Children——零號機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。絕對服從元渡的她，在將剛剛製造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭駡後隕命，而被利用完畢的赤木博士也隨之自殺身亡。另外一個被利用的人是EVA二號機的研製員，她的靈魂被二號機強行剝奪了一部分導致其精神分裂，其女明日香則被選為The Second Children——建造中的二號機專屬駕駛員。對元渡來說二號機難以控制，甚至可能是Seele安放在他身邊的制衡力量，因此他試圖將最重要的初號機交給自己的兒子以便控制。但將真嗣選為The Third Children必然招至Seele反對，因此元渡不得不耐心等待機會。
NERV——GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD
看過EVA的人一定會對NERV的那個血紅色的標誌有深深的印象，同時也就會瞭解小標題中的那句GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD——是英國的詩人Robert Browning的詩句，我們可以暫時翻譯成“神不為者，人為之”，我們就可以從這句話中瞭解到NERV所代表的意義。正如碇元渡所言,科學的力量是無窮的.請看在第十二話中碇元渡與東月在南極時的對話（此時兩人在航空母艦上）
且不說這段重要對話中對故事情節的揭示，就其揭示的思想觀點已經可以解釋NERV的那個血紅色的標誌的意義了.NERV的標誌是以半片樹葉下麵的NERV字樣為主體，下麵環繞GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD的字樣。其實，那片樹葉實際上是一片無花果的葉子，也就是聖經中那象徵著亞當夏娃被逐出伊甸園的原罪——由於偷食了智慧果實的原罪；智慧禁果的表現轉換到EVA中也就是以NERV為代表的科學萬能念，而GOD'S IN HIS HEAVEN,ALL RIGHT WITH THE WORLD也就正體現了NERV的這種科學萬能的思想（注3）。然而庵野秀明（注4）卻認為科學的力量是人類原罪的根源，所以NERV的標誌上才會有無花果的葉子，一方面代表了人類所背負的原罪；另一方面，作為NERV有這樣的意義的標誌也就體現了NERV的無所畏懼，無所敬畏，唯我至上的意志體現。碇元渡作為NERV的總司令也就集中了這種思想意志.或者說,是碇元渡帶給了NERV這種思想。而東月就作為懷疑論者認為人類應該有所信仰有所敬畏。東月認為正是因為人類自滿於自己的科學力量，試圖以科學的力量進行自己的成神計畫才導致了第二次衝擊——上帝對人類的懲罰。
SEELE—意識第一的神學觀點
SEELE是NERV的直屬上級機關，SEELE作為人類補完計畫的計畫者，是EVA背後最大的也是最終的指引力量（從SEELE的意思——靈魂就可以得知），其實只有SEELE和NERV的高層人事才知道所謂人類補完計畫的真相。所謂人類補完從外表上看是人類通過科學的力量包括神力進化到新的境界的過程，如果以電影版為基準的話，就是人類還原為LCL之海中的靈魂樣的存在。有人認為THE END OF EVANGELION的結局是人類全滅，其實是人類失去了肉體，失去了相互之間的隔閡以精神的形式繼續存在下去，也就是精神上的補完。在這一點上，TV版的結局也是如此，第25、26 話的心理分析可以說就是象徵了（其實就是）心靈的補完。由此也可以看出SEELE 可以放棄人類肉體而使人類進化到精神世界的行為證明了他們意識第一的觀念。同時也就是本片的思想基礎——人的思想是最重要的，EVA的意義就是要給人的心靈一種補完的感覺。
渚薰以第十七使徒和第五適應者（駕駛員）的雙重身份出現，他的背景相當的複雜。簡單的說他是被SEELE利用而送到NERV去的，其目的就是要達成SEELE除掉已經背叛他們的碇元渡的計畫。當被蒙在鼓裏的渚薰以第五適應者的身份到達NERV並且準備發動第三次衝擊時，才發現其實所有的使徒都被NERV和SEELE的圈套所矇騙了。這一段渚薰可以說是真正以神的使者的身份對人的行為進行著批判。這裏的主題音樂是S y m p h o n y N o . 9 1 C h o r a l 1 貝多芬的第九交響樂，歡樂頌。這時薰所背負的天使的意義和貝多芬在此曲中所灌注的精神狀態配合的相當融洽。其中，渚薰的許多臺詞可以算得上是Eva中的經典： 走吧！過來吧！亞當的分身，李林的僕人。 EVA是由亞當所生，對人類而言其存在實在使人憎惡。人類利用EVA生存至今的這種行為我實在是無法理解。 其中的“李林”就是指的人類，也就是猶太教中所說的：“人類lilin是lilith的後代，是罪惡的後代。” 亞當的分身自然是指Eva機體，人類利用自己科學的力量複製了神的行為，將Eva作為自己的僕人，並依靠著Eva而與使徒作戰並存在著。也就是在批判人類不惜利用一切的邪惡本性。而當他到達最終教條（天堂之門）的時候，發現在那裏的竟是lilith的本體而非亞當，他發現其實一切都是安排好的，使徒強大的生命必然要敗在人類智慧之下，或者說是敗在了人類的欺騙之下。由此，渚薰 感歎著：這是利利斯（lilith）！是嗎？原來是這樣啊？李林 使徒一直認為NERV地下深藏的就是亞當，而且，SEELE也是這樣告訴渚薰的吧。然而當最終的使徒真正看出真相之後，他便選擇了自己的死亡。 生存下去是我的命運，即使人類會因而毀滅，我也得生存下去，不過我也可以選擇死亡，對我來說生存和死亡對是一樣的，死亡對我而言是唯一的自由。
這裏值得一提的是這一段的背景音樂主題《M e s s i a h , p a r t Ⅱ ，42 H a l l e l u j a h ，c h o r u s （彌塞亞第二部第42章，讚美主，合唱曲）》以讚美主的神曲突破明日香的最後的精神防線，宣告了明日香那種無視一切的自大的思想的完結，明日香去尋找一種更加正確的思想吧。
另外的關鍵是隆基努斯之槍（Spear of Longinus）的出現，隆基努斯是聖經中將耶穌刺死的那個士兵的名字。這柄隆基努斯之槍具有刺穿AT Field的能力，刺死了耶穌，正是刺穿絕對不可侵犯的領域呀。擁有這樣一柄槍的NERV所做的工作不正是隆基努斯的工作麼。他們的科學進化人工成神計畫的核心—— 隆基努斯之槍這個名字很不錯呢。
人類的新世界——人類補完計畫
人類補完計畫是新世紀福音戰士中比較重要的一部分，可以說整個故事都是圍繞著人類補完計畫進行的。然而，人類補完計畫也確實是本片中隱藏比較深不太容易理解的概念之一。因為新世紀福音戰士一共有所謂的“兩個結局”其一是動畫片TV版的第25、26話，以意識流式的心理分析中結束。另一個就是在電影版The end of Evangel ion中描述的第三次衝擊的發生為結局。關於這兩中結局，討論相當激烈，個人各持己見，並沒有一個確切的結果。那我就把我的見解寫下，希望能夠引起一定的思考就可以了。
真嗣比以前更討厭這個世界，也討厭代表了未來的明日香（因為她可以毫不在乎的活下去），真嗣掐住明日香的脖子表達的正是他對外界和他人的仇恨。這是真嗣一直以來的想法，“others are hell”，他覺得別人不喜歡他，所以他也討厭其他人。他好像到最後都沒有改變。真嗣已經有一次覺得無法忍受明日香對他的批評，說出了他的內心感受，因此想殺死她，現在面對更無情的明日香，又想殺她也很正常。