不料，事與願違，在祐介沈睡的二十多年後，被一次搶救沈睡者的行動意外叫醒。在這之前，地球被一種被人類稱為 Blue 的生物所侵略。Blue 的外型似昆蟲卻很巨大，以無機物和有機物為食，對牠們而言，也許人類就像是爬在食物上的礙眼生物，於是牠們就大規模殺人，似乎要將人類趕盡殺絕。戰鬥的結果是，約莫一千萬左右的人類逃到外太空去，準備有朝一日能自 Blue 手中搶回地球。經過許久的科學武器研究，人類回到地球採取實際行動。
但是 Blue 並不是那麼好對付的對手。牠們雖然有致命的弱點─核，一旦打中就會喪命，但若非打中核，Blue 的攻擊動作卻不會停止。而且 Blue 的繁殖速度極快，並且似乎在針對人類的武器快速演化中。
一些外太空基地的軍人，授命前往地球取回沈睡者，這些沈睡者被稱作「樣本」，因為某種理由，沈睡者似乎是消滅 Blue 的行動中重要的一環。以羅伯特為首的一小隊，前往了祐介所在的地方要取回樣本，卻引來了 Blue 的攻擊，最後樣本傷亡慘重，只剩祐介一人因為偶然被叫醒，在小隊的瑪琳及裘伊等人的協助下，總算活了下來。
祐介萬般不願意在這種情況下被叫醒，但他也不願意就這樣莫名其妙被 Blue 給殺死。在返回外太空的路上，隊友們陸續喪生，祐介因人手不足，也加入了戰鬥的行列，但終究只剩下祐介與瑪琳兩人。他們兩人是否可以平安返回外太空的基地呢？祐介在這個道德觀念與社會價值已全然不同的世界，如同浦島太郎般一個認識的朋友都沒有，他要如何生存下去？由於外太空資源有限，逃出地球的人類不可能永遠處在外太空而對地球毫無動作。人類與 Blue 的戰鬥，最終將會如何？祐介等沈睡者貴重樣本，又將扮演什麼角色？