有許多學者從基因突變發生的機率出發，計算出了產生新物種的概率，發現小得驚人。貝希（Behe, M.J.）的《達爾文的黑匣子》（Darwin's Black Box）一書中，美國生物化學家貝希以血液凝固的一系列生物化學機制為例，講述如此複雜精密的生命現象不可能是進化出來的。其中一個蛋白（TPA）產生的機率是十分之一的十八次方，經過計算至少需要一百億年才能發生。如果同時進化出和它相互作用的蛋白，機率就是十分之一的三十六次方。他說：「很可惜，宇宙沒有時間等待。」
如先前第一章所提，美國業餘化石專家米斯特（William J. Meister）在猶他州羚羊泉（Antelope Springs）的寒武紀沉積岩中發現了踩在兩億多年前的地球上的生物──三葉蟲上的成人便鞋鞋印，經猶他（Utah）大學著名的化學家庫克（Melvin A. Cook）鑑定這的確是人的鞋印。
二億七千萬年前的人類腳印
一八一七年，考古學家斯庫爾克拉夫特（Henry R. Schoolcraft）和本頓（Thomas H. Benton）在美國密西西比河西岸附近的一塊石灰岩石板上，發現了兩個人類的腳印，長約10.5英吋（27公分），腳趾較分散，腳掌平展，與長期習慣於不穿鞋走路的腳印相似。腳步強健有力，腳印自然。挖掘所得的各種跡象均表明：其壓痕是在岩石很軟時踩上去的。據鑑定，這塊石灰岩石板有二億七千萬年的歷史。
一九七六年，著名考古學家瑪麗‧利基（Mary D. Leakey）領導的研究小組在非洲坦尚尼亞北部、東非大裂谷東線，一個叫拉多里（Laetoli）的地方發現了一組和現代人特徵十分類似的腳印，這些腳印印在火山灰沉積岩上，據放射性測定，火山灰沉積岩有三百四十萬年～三百八十萬年的歷史。腳印共兩串，平行緊挨著分布，延伸了約27公尺。從這些足跡可以明顯地看出，其軟組織解剖的特徵明顯不同於猿類。其重力從腳後跟傳導，通過腳的足弓外側、拇指球，最後傳導到腳拇指，腳拇指是向前伸直的。而猩猩及南方古猿（Australopithecus）直立行走時，重力從腳後跟傳導，但通過腳的外側傳導到腳中指，且腳拇指是向側面伸出的。
在《審判達爾文》（Darwin on Trial）一書中，他多次質問：「我們怎樣才能知道『進化論』是真實的？確鑿的證據何在？」他在書中做了這樣的總結：「化石向我們展示的都是突然出現的有機體，沒有逐步進化的任何跡象……這些有機體一旦出現，基本上就不再變了，哪怕過了幾百萬年，不管氣候環境如何變化。如果達爾文的理論成立，這些條件本應該引起物種的巨大變化。」
這個發生在幾十年時間裏的蛾的顏色的變化成了進化論倡導者非常有力的「完美」的論據。多少代的生物學家們都普遍地接受和相信著這個例證的完美，然而如同前面章節所提到的皮爾當人一例，最近有科學家也發現這是一個類似的缺陷實驗，因為這張對比圖並不是真實生態圖，圖中的飛蛾不是活的，而是特意把死去的蛾黏在或釘在樹上而拍攝出來的。麻州大學的薩節特博士（T. D. Sargent）認為這個實驗實際上是建立了一個人為的環境條件，飛蛾並沒有在它們自然選擇的環境中，於是實驗中的飛鳥很快就意識到它們被提供了一頓免費午餐。而且在真實環境中，這些蛾的棲息模式幾乎不曾停留在樹幹上，而是更喜歡隱藏在高處樹冠下的樹杈上。
芝加哥大學的康內博士（J. A. Coyne）在一九九八年對《Melanism: Evolution in Action》一書作的評論中寫到：「當我得知這張對比圖中的飛蛾是刻意安排的，我的失望和悲哀就像六歲時發現每年準備聖誕禮物給我的是我父親而不是聖誕老人。」
威爾斯博士（Jonathan Wells）是西雅圖的發現學院(Discovery Institute )的生物學和宗教學專家，他認為這個灰斑蛾和黑蛾的例證不應該再寫入教科書。他說：進化論生物學家對於這些進化案例是言過其實了。教科書低估了這個例子的複雜程度，雖然無法判定著名的飛蛾對比圖是刻意欺騙，但也是誤導了讀者。
