第一戰比較容易,一開始瑪琉(マリュ—=ラミアス)會詢問是否需要指導,選第一項的話可以在瑪琉的指導下輕松消滅敵人,選第二項的話就要靠自己努力了,建議第一次玩的人還是選第一項好。幹掉三部敵機後被庫魯擇追擊的穆(ムゥ=フラガ)出現,可以讓吉良和他組成一隊再攻擊敵人,過了幾回合母鍵AA(アークエンジェル,簡稱AA)就會趕到支援。對付庫魯澤的時候只要多多利用ID就可以輕松解決。
第二關:從宇宙落下之星·Descend to earth
本關任務是防衛AA六回合,一開始友軍戰艦就會沖上去並放出多隊的核戰機來攻擊敵人,不過在敵人面前只有挨打的份,吉良和阿斯蘭交手後兩人可以交信。數回合後,高達X裏的BT兄弟來襲,吉良看見AA被攻擊,當即爆SEED將兩人擊退。瓦肯司令在這場戰鬥中也會被庫魯擇所擊敗。六回合後,AA突入大氣層,同時TURN A高達的主角羅蘭(ロラン=セアック)也做爲月之民的“地球回歸計劃”的先遣部隊而降落地球,但是吉良在準備歸艦的時候被突然出現的飛翼零式(ウィングガンダムゼロ)攻擊,受重傷後掉落地球……
第三話:戰場是荒野·Escape in ruines
戰鬥結束後收到消息,雷比爾將軍已經成功拿下奧德塞,吉恩軍的瑪·庫貝司令(マ=クベ)逃往宇宙。同時,雷比爾將軍將AA隊和WB隊編成爲第十三獨立艦隊,並任命AA爲旗艦(終於,0079被SEED完全壓過了……),瑪琉爲艦隊的總指揮。這時警報響起,原來吉恩軍已經開始了加布羅攻略作戰,在空中更是出現了由愛娜(アイナ)駕駛的MA阿布薩拉斯(アブサラス)……
Ex第二關:戰鬥只能加深仇恨·A song of hate they hear……
幾個小偷被押到艦橋,捷多在妹妹莉娜(リィナ)的威脅下只好乖乖道歉,接著莉娜又命令捷多他們幾個在艦上勞動以將功贖罪。穆對卡羅德的身手挺中意,遂邀請他留在艦上,卡羅德也爽快地答應了。J博士又設計好了EZ-8兩種新的改造方案,玩家可以根據戰況或是自己的喜好來改裝。
補給完畢正要離去時,突然有求救信號傳來,原來是玲(レイン=ミカムラ)乘坐的太空梭被OZ的部隊攻擊,多蒙一聽到馬上就駕駛閃光高達出擊,瑪琉艦長也下令全軍跟上。
第十三關:月世界的門·Ambition of OZ
戰鬥後哈裏等人來到艦橋說明了被襲擊的經過,原來是OZ襲擊了月之民的居住地馮市(フォン·シティ),並且囚禁了月之民的女王迪阿娜(ディアナ),哈裏只能帶著玲和她的父親逃出來,而且多蒙的父親也被囚禁了。瑪琉艦長於是決定要去營救出女王,並決定用艦隊本隊來吸引敵人注意力而派遣別動隊前去救出女王。
第十四關:月之民·Help the queen,Diana
獨立艦隊的下一個目標是OZ的宇宙要塞巴魯基(バルジ),雷比爾將軍正是被囚禁在那裏,迪阿娜女王也會讓自己的艦隊加入戰鬥。此時J博士又帶來一個好消息,現在機體可以進行二段改造了,只不過所耗費的金錢數目大得驚人,如果玩家金錢不夠充裕的話,還是多多去索敵捕捉敵機來賣錢吧。
第十五關:巴魯基攻防戰·Challenge to OZ
本以爲事情已經結束了,可沒想到突然收到了一個震驚的消息,夏亞恢複他原來的名字加斯巴魯·戴肯(キャスバル=ダイクン)並且成立新吉恩對地球聯邦宣戰,而且新吉恩艦隊已經向LUNA2進軍欲奪取儲存在LUNA2的核兵器,瑪琉艦長向雷比爾將軍請求讓AA艦隊先行前往LUNA2。J博士回收了在戰鬥中損壞的自由高達並加以修理,下一關開始就能讓吉良乘坐了,其阿斯蘭也會加入我方。與此同時,在宇宙中,福羅斯特兩兄弟不知又在計劃著什麽……
第十八關:從梅比烏斯之輪而來·Beyond the time
過關後,雷比爾將軍認爲一定要消滅挑起這場戰爭的源頭--吉恩軍總帥吉倫·紮比,而夏亞也有相同的想法,所以他願意讓新吉恩軍和AA艦隊共同作戰,並且還將自己的戰艦送於AA隊,此時可以決定是否讓夏亞擔任艦長,選第一項是讓夏亞擔任艦長,第二項是讓西拿普斯艦長來擔任。
第十九關:宇宙要塞阿·保阿·庫·Sunset at Zeon
グロムリン一擊將阿·保阿·庫打成兩半。面對擁有如此強大火力和無限再生能力的敵人,衆人都感到十分擔心,而J博士卻鼓勵大家說,無論它能怎樣再生,只要我們不停地攻擊,總能將它完全消滅的,於是衆人重新拾起信心準備最後一戰。剛才在戰場中消失的卡特也來要求加入,我軍又添了一份強大的戰力。
最終關:狂妄與執著一同結束的時候·The end of ambition