江小魚與花無缺的生父江楓是武林中有名的才子，天下間的女子莫不為之動容。江楓因故受傷，作客移花宮，連移花宮有名的女魔頭邀月憐星都難以自持，愛上了江楓。然而，江楓卻愛上了邀月的侍女花月奴，種下了不幸的遠因。花月奴私通江楓，並且懷了孩子，兩人知道邀月憐星不會放過他們，趁著邀月憐星閉關練功時逃出谷去，靜候孩子的誕生。
十個月過去，江楓與花月奴的孩子即將出世，移花宮的人在此時發覺倆人的藏身處，江楓不得已，向人稱『天下第一神劍』的義兄燕南天求救，托家僕江琴約好會面的地點。然而事與願違，江琴出賣了江楓夫婦，使邀月憐星先找到了兩人，江楓與花月奴皆難逃一劫。邀月憐星因愛生恨，殺死江楓夫婦猶不滿足，故意將甫出世的雙生子攜走一人(花無缺)，任燕南天來尋時發現另一人(江小魚)，意圖在十餘年後，讓這對親兄弟不知情的互相拚命，方解心中無窮的怨念之意。燕南天後來得知是江琴出賣江楓，帶著孩子勇闖惡人谷，卻中計成為無知無覺的廢人，孩子卻陰錯陽差地被惡人谷諸惡人撫養長大。(江小魚)
另一方面在移花宮長大的孩子(花無缺)也習武有成，不知情地奉命前往惡人谷要殺死江小魚。這兩人武功各異、出身大不相同、性格特色也大異其趣，一旦遭遇，究竟是誰勝誰負，誰要背負那手足相殘的罪名？是悲劇？還是喜劇？『新絕代雙驕２』整個遊戲重點就設計在兩人間的互動上，您進行遊戲的過程將決定江小魚與花無缺的命運，您的決定將導致不同的結局！

小魚兒的痞，花無缺的柔，你一定要親身體驗…『男的不壞，女的不愛』，若是把這句話套用到被三四個女生追的小魚兒身上，那只對了一半而已。為什麼呢？小魚兒真的是壞到骨子裡了嗎？不盡然喔！儘管他經常表現得像個無情無義的壞蛋，有時他只是不願在別人面前表現得像個好人而已，在自己喜歡的女孩面前，更是把自己裝成像是一個大壞蛋…

反觀花無缺，移花宮的大小兩宮主將他調教成風度翩翩、溫文儒雅的君子，既叫無缺，想必是集所有的美好事物於一身。但是，『月有陰晴圓缺』，世上哪有真正的無缺？面對著移花宮大小兩位宮主養育的親情、小魚兒的友情、和鐵心蘭的愛情，這般現實的歷練，一時之間竟不知如何去抉擇…