SEQUENCE 11
Connor切斷了自己與華盛頓、Kenway的聯繫,雖然Charles Lee已開始遭到懷疑,然而他仍然還活着。只要Lee還活着,一切就都還存在着危險,Connor正策劃著暗殺Lee的計畫。Connor打算利用波士頓的地道接近Lee,並在海上用艦船炮擊造成混亂,趁亂刺殺Lee。
BATTLE OF THE CHESAPEAKE
為此,首先要準備海上力量,這就需要先幫海軍做些事情。找到海軍長官Admiral De Grasse,他很懷疑Connor和他的Aquila號是否有能力抵禦這一波英軍的海上攻勢。本關為海戰,大約可分為3個階段,首先是最普通的海戰,敵艦較多不過大部分是小帆船,進入第二階段後,一艘友軍戰艦被擊沉,這次敵人大艦船的火力較猛,推薦先用鎖鏈彈把桅杆打斷,開不動的船就只能當靶子了。來到第三階段,這時候Aquila號的也快撐不住了,Connor決定隻身一人摧毀敵人的戰列艦,開船撞上敵人之後就會出現過場動畫,動畫結束後要馬上逃,趁還沒爆炸之前回到Aquila號。Connor的英勇作戰得到了Admiral的欣賞,他答應幫助Connor。
LEE’S LAST STAND
按照約定,艦船會看到港口的信號後炮擊,所以首先要做的是去點燈。來到港口最高的塔上,Connor點燃信號。不幸的是,Connor被流彈擊中,狀態不佳的他已無法執行刺殺任務,在目標地點Connor遇到了Kenway。下面是一場父子對決,Kenway是不吃任何反擊,玩家只管防禦就好,走到一些周圍發亮光的場景旁邊防禦會出現過場動畫,幾個動畫過後兩人被炮彈擊中,根據畫面提示千鈞一髮之際給予Kenway致命一擊。
SEQUENCE 12
Kenway死了,現在由Lee控制着聖殿騎士,Connor的故事即將走到結尾。
LAID TO REST
Kenway的葬禮上,Lee在發表演說,Connor企圖刺殺而被抓到,憤怒的Lee發誓要把Connor珍愛的一切都毀掉之後再殺掉Connor。士兵把Connor帶到一旁,Lee也趁機走掉了,將一干士兵解決後詢問到Lee在港口。來到船上,偷聽2段對話後弄清楚了Lee的計畫。
CHASING LEE
在酒吧問到Lee現在正位於港口,來到目標地點用鷹眼找到Lee。看到Connor,Lee拔腿就跑,前半段的追趕會有士兵來阻擋你,按A可突破他們的封鎖。一路追來到造船廠,這裡起了大火,地板塌陷兩人均摔到了下層,Connor還被木樁插到腹部。無法站立的Connor對著Lee的胸口開了一槍,然而這並沒有殺死Lee,最終還是讓他逃了。一夜過後,在邊境的酒館中找到了傷勢嚴重的Lee,兩人小酌一杯後,Connor拿起knife結果了Lee,拿到了弔墜鑰匙。