與此同時,人類補完計畫與E計畫的主要實施者之一的碇唯卻在暗中計畫反叛seele,她試圖挽救人類渡過未來的第三次衝擊,於是利用初號機融合實驗的機會,主動使自己的靈魂完全融合進了這部補完計畫的重要工具中。元渡對碇唯此舉深感震驚,但他很快開始因勢利導實行自己的一套補完方案,將零號機克隆人的Lilith靈魂物質中摻入碇唯的粒子體,甚至使其相貌也一模一樣。這一製造過程是通過Dummy System實現的,通過這個系統可以由一個主體克隆出無數個分身,分享同一個靈魂。於是,The First Children——零號機專屬駕駛員——淩波麗誕生了。絕對服從元渡的她,在將剛剛製造完成MAGI超級電腦的赤木博士一頓臭駡後隕命,而被利用完畢的赤木博士也隨之自殺身亡。另外一個被利用的人是EVA二號機的研製員,她的靈魂被二號機強行剝奪了一部分導致其精神分裂,其女明日香則被選為The Second Children——建造中的二號機專屬駕駛員。對元渡來說二號機難以控制,甚至可能是Seele安放在他身邊的制衡力量,因此他試圖將最重要的初號機交給自己的兒子以便控制。但將真嗣選為The Third Children必然招至Seele反對,因此元渡不得不耐心等待機會。