第一關:它的名字是“高達”·"G" on the ground
SEED第一話的劇情,ZAFT的庫魯澤(クルーゼ)隊襲擊了奧布的殖民衛星海裏奧波裏斯欲奪取聯邦軍的新造兵器,大和吉良(キラ=ヤマト)在尋找避難所的途中無意間在工廠裏發現了聯邦軍的新式機動兵器“G”,而且前來奪取它的ZAFT士兵居然是從前的好友阿斯蘭(アスラン=ザラ),爲了逃生,吉良只好乘上了強襲高達(ストライクガンダム)……
第一戰比較容易,一開始瑪琉(マリュ—=ラミアス)會詢問是否需要指導,選第一項的話可以在瑪琉的指導下輕松消滅敵人,選第二項的話就要靠自己努力了,建議第一次玩的人還是選第一項好。幹掉三部敵機後被庫魯擇追擊的穆(ムゥ=フラガ)出現,可以讓吉良和他組成一隊再攻擊敵人,過了幾回合母鍵AA(アークエンジェル,簡稱AA)就會趕到支援。對付庫魯澤的時候只要多多利用ID就可以輕松解決。
第二關:從宇宙落下之星·Descend to earth
AA要突入大氣圈進入地球,聯邦軍的LUNA2的瓦肯艦隊來護衛。庫魯澤隊和吉恩軍的“紅色閃電”喬尼·萊丁惡狠狠地……追殺過來,而吉良的好友-阿斯蘭也在其中……
本關任務是防衛AA六回合,一開始友軍戰艦就會沖上去並放出多隊的核戰機來攻擊敵人,不過在敵人面前只有挨打的份,吉良和阿斯蘭交手後兩人可以交信。數回合後,高達X裏的BT兄弟來襲,吉良看見AA被攻擊,當即爆SEED將兩人擊退。瓦肯司令在這場戰鬥中也會被庫魯擇所擊敗。六回合後,AA突入大氣層,同時TURN A高達的主角羅蘭(ロラン=セアック)也做爲月之民的“地球回歸計劃”的先遣部隊而降落地球,但是吉良在準備歸艦的時候被突然出現的飛翼零式(ウィングガンダムゼロ)攻擊,受重傷後掉落地球……
第三話:戰場是荒野·Escape in ruines
本關是WB(ホワイトベース,簡稱WB)隊擊斃吉恩軍司令卡魯瑪·紮比(ガルマ=ザビ)的劇情,夏亞(シャア)的複仇計劃第一步。我方的目標是將敵人引到WB的埋伏範圍內,一開始布萊德會作出說明,紅色的區域即是。讓阿姆羅上前和夏亞交手會發生對話,阿姆羅和敵軍中的庫庫魯斯(ククルス·ドアン)交手後也會發生對話,然後可以交信(這是進入EX第一關的條件)。當卡魯瑪所乘坐的母艦進入範圍後,會發生原著劇情,WB將卡魯瑪擊斃,同時敵軍的其他母艦也會撤退,但是MS部隊會留下來,所以這時候就可以放開了隨便打了,如果可以的話抓一部紮古回家收藏收藏。
Ex第一關:庫庫魯斯的島·Desert soldier
第六話:哀戰士·Battle in Odessa
本關是與“青色巨星”隊和“沙漠之虎”隊的決戰,我方的小隊配置最好是和上一關相同。
開戰後,建議先攻擊蘭巴隊,由阿姆羅擊倒蘭巴後會發生劇情,蘭巴自盡而亡(如果在擊倒蘭巴之前先擊到他的妻子哈蒙(敵母艦)的話,可以進入EX第二關)。沙漠之虎方面,由吉良將安多留擊倒後也會發生劇情。將敵人消滅到一定數量以下的時候,在地圖中央的湖下方,黑色三連星會帶著四隊紮古增援,讓阿姆羅攻擊黑色三連星小隊的話會發生劇情,瑪奇露達爲了掩護阿姆羅而被黑色三連星殺死,而阿姆羅也在這個時候擊斃了三連星中的馬修。事件後,三連星的其余兩人撤退,可以放心打掃戰場了。
戰鬥結束後收到消息,雷比爾將軍已經成功拿下奧德塞,吉恩軍的瑪·庫貝司令(マ=クベ)逃往宇宙。同時,雷比爾將軍將AA隊和WB隊編成爲第十三獨立艦隊,並任命AA爲旗艦(終於,0079被SEED完全壓過了……),瑪琉爲艦隊的總指揮。這時警報響起,原來吉恩軍已經開始了加布羅攻略作戰,在空中更是出現了由愛娜(アイナ)駕駛的MA阿布薩拉斯(アブサラス)……
Ex第二關:戰鬥只能加深仇恨·A song of hate they hear……
安多留的情人愛沙爲了給安多留報仇而帶隊來襲。在第二回合會有兩部敵機增援,讓吉良攻擊愛沙會有對話,第三回合結束時,哈蒙會駕駛著裝滿了炸藥的陸上戰艦出現欲撞擊WB,現在玩家的首要目標就是要擊毀哈蒙的戰艦。將敵人全滅後,吉恩軍的殘黨也投降了,但是突然出現的聯邦軍的巴斯克卻讓強化人零將投降的吉恩軍消滅,瑪琉艦長看不過,決定讓吉恩軍的人先逃跑,而由我方艦隊來拖延時間。此時的任務目的是拖延時間到八回合以後,不過巴斯克的戰艦會一直沖向前來,玩家如果想快點解決的話直接將戰艦擊毀就可以了。
第七話:突襲加布羅·Jabro raided
一行逃出加布羅後,加布羅便被吉恩軍完全占領,地球聯邦陷入了非常不利的境地,雷比爾將軍只好率部撤離到澳洲繼續指揮反抗作戰。雖然這裏有新型的戰艦和MS,但吉恩軍的魔爪也已經伸到了這裏……
第八話:強奪高達·Encounter in two soldiers
在聯邦軍新型戰艦阿魯比安(アルビオン,以後簡稱ARU)停靠在基地內的時候,吉恩軍的王牌機師--有著“所羅門的惡夢之稱的阿納貝爾·卡特(アナベル=ガト—)潛入基地內並成功奪取了搭載有核彈頭的最新試制MS-高達GP-02,在他奪得機體的同時,聯邦軍的士浦木 宏(コウ=ウラキ)發現了此情況,便隨即搭乘上同樣是新型試制MS的高達GP-01欲阻止卡特。
幾個小偷被押到艦橋,捷多在妹妹莉娜(リィナ)的威脅下只好乖乖道歉,接著莉娜又命令捷多他們幾個在艦上勞動以將功贖罪。穆對卡羅德的身手挺中意,遂邀請他留在艦上,卡羅德也爽快地答應了。J博士又設計好了EZ-8兩種新的改造方案,玩家可以根據戰況或是自己的喜好來改裝。
補給完畢正要離去時,突然有求救信號傳來,原來是玲(レイン=ミカムラ)乘坐的太空梭被OZ的部隊攻擊,多蒙一聽到馬上就駕駛閃光高達出擊,瑪琉艦長也下令全軍跟上。
第十三關:月世界的門·Ambition of OZ
太空梭情況緊急,哈裏(ハリ—=オ—ド)爲了保護玲和她的父親而單槍匹馬出擊,此時我軍即時趕到,多蒙更是發動了明鏡止水,誓不讓OZ碰玲一跟毫毛。
戰鬥後哈裏等人來到艦橋說明了被襲擊的經過,原來是OZ襲擊了月之民的居住地馮市(フォン·シティ),並且囚禁了月之民的女王迪阿娜(ディアナ),哈裏只能帶著玲和她的父親逃出來,而且多蒙的父親也被囚禁了。瑪琉艦長於是決定要去營救出女王,並決定用艦隊本隊來吸引敵人注意力而派遣別動隊前去救出女王。
第十四關:月之民·Help the queen,Diana
本關的敵人都帶有I力場等護罩,對射擊武器的防禦能力很強,所以要盡量挑選格鬥能力較好的機體出擊。一開始的敵人並不是很強,用格鬥攻擊或是浮遊炮類的武器就可以解決。
獨立艦隊的下一個目標是OZ的宇宙要塞巴魯基(バルジ),雷比爾將軍正是被囚禁在那裏,迪阿娜女王也會讓自己的艦隊加入戰鬥。此時J博士又帶來一個好消息,現在機體可以進行二段改造了,只不過所耗費的金錢數目大得驚人,如果玩家金錢不夠充裕的話,還是多多去索敵捕捉敵機來賣錢吧。
第十五關:巴魯基攻防戰·Challenge to OZ
本關開始布萊德艦長換乘新戰艦ネェル·ア—ガマ。本關要讓卡羅德上場。
AA艦隊繼續向所羅門而去,在另一邊,福羅斯特兄弟又和西瑪聯手了。在所羅門那邊,阿斯蘭也做爲ZAFT的援軍參加所羅門防衛戰。
第十七關:所羅門攻略戰·Prepare for the Big Devil
在前線部隊戰鬥得水深火熱之時,加米托夫卻在後方下達了用太陽反射激光連同己方部隊一起消滅掉的命令,這樣一來他在聯邦軍之中就沒有敵手了。此時AA艦隊到達,我們的目標就是一方面阻止反射激光照射,一方面保護友軍不被全滅。
本以爲事情已經結束了,可沒想到突然收到了一個震驚的消息,夏亞恢複他原來的名字加斯巴魯·戴肯(キャスバル=ダイクン)並且成立新吉恩對地球聯邦宣戰,而且新吉恩艦隊已經向LUNA2進軍欲奪取儲存在LUNA2的核兵器,瑪琉艦長向雷比爾將軍請求讓AA艦隊先行前往LUNA2。J博士回收了在戰鬥中損壞的自由高達並加以修理,下一關開始就能讓吉良乘坐了,其阿斯蘭也會加入我方。與此同時,在宇宙中,福羅斯特兩兄弟不知又在計劃著什麽……
第十八關:從梅比烏斯之輪而來·Beyond the time
新吉恩艦隊正要開始進攻LUNA2的時候我軍到來,瑪琉艦長向夏亞說明了一切,並希望停止無意義的戰鬥,但夏亞還是堅持已念,所以這一戰是非打不可了。
過關後,雷比爾將軍認爲一定要消滅挑起這場戰爭的源頭--吉恩軍總帥吉倫·紮比,而夏亞也有相同的想法,所以他願意讓新吉恩軍和AA艦隊共同作戰,並且還將自己的戰艦送於AA隊,此時可以決定是否讓夏亞擔任艦長,選第一項是讓夏亞擔任艦長,第二項是讓西拿普斯艦長來擔任。
第十九關:宇宙要塞阿·保阿·庫·Sunset at Zeon
戰鬥開始前,吉倫的父親迪金公王想和雷比爾將軍議和,而吉倫卻已經把衛星炮對準了父親的艦隊……迪金公王和雷比爾將軍都葬身在閃光中……
グロムリン一擊將阿·保阿·庫打成兩半。面對擁有如此強大火力和無限再生能力的敵人,衆人都感到十分擔心,而J博士卻鼓勵大家說,無論它能怎樣再生,只要我們不停地攻擊,總能將它完全消滅的,於是衆人重新拾起信心準備最後一戰。剛才在戰場中消失的卡特也來要求加入,我軍又添了一份強大的戰力。
最終關:狂妄與執著一同結束的時候·The end of ambition